Отдел организует работу по постановке и ведению бухгалтерского учета организации в целях получения заинтересованными внутренними и внешними пользователями полной и достоверной информации о ее финансово-хозяйственной деятельности и финансовом положении. Формирует в соответствии с законодательством о бухгалтерском учете учетную политику исходя из специфики условий хозяйствования, структуры, размеров, отраслевой принадлежности и других особенностей деятельности организации, позволяющую своевременно получать информацию для планирования, анализа, контроля, оценки финансового положения и результатов деятельности организации.

Основная деятельность института финансируется за счет средств бюджета на основе смет доходов и расходов. Обязательным условием является открытие финансирования по смете ведения БУ и отчетности в порядке, предусмотренном для бюджетных организаций.

К специфическим особенностям бюджетного учета относятся: контроль исполнения сметы расходов, выведение в учете кассовых и фактических расходов, организация учета в разрезе статей бюджетной классификации, строгое соответствие учета и отчетности требованиям нормативных документов.